“2011计划”的出台极大地推动了高校的协同创新，要求高校与科研机构、行业企业、地方政府开展深度合作，促进资源共享，实现创新能力的显著与持续提升，明确提出“以机制体制改革引领协同创新”，但当前高校普遍存在的依然是“校、院、系、专业”的发展布局和学院实体型的机制体制，这些传统机制体制极大地制约了高校的协同创新，因此改革和创新内部机制体制已成为当前高校开展协同创新的一项重要任务。

创新动力机制，激发协同创新的积极性。动力机制直接引导、激励高校内部的资源共享和相互融合，其主要表现为利益驱动、政策推动和发展需求三个方面，但目前高校在这些方面均显不足，直接削弱了协同创新的积极性，限制了高校资源的合理便捷流动，禁锢了学科的融合与集成。高校应结合各创新主体以及社会发展的需要，构建科学合理的体制机制。一方面通过激励机制来激发协同创新的动力。以协同创新的理念，制定科学合理的政策，将政策推进、利益驱动和发展需求有机结合，鼓励、刺激和保障各创新主体充分释放和追求合理的经济利益和精神利益，由此引导其产生强烈的协同意愿，最终形成自发、科学、合理、有效协同整合的良好局面。另一方面，通过约束机制来增强协同创新的动力。一是按照责权利相结合的原则，建立利益与风险共担的机制，实现参与主体和要素按照贡献度、有效性来享有利益和担负责任，做到责权清晰、奖惩合理。二是构建利益和责任紧密相连的约束机制，按照公平客观的原则确定差异化分配机制，通过分配制度的改革来激发各创新主体的积极性。三是建立科学的竞争机制，通过各种方式鼓励有序竞争，实行协同创新中的优胜劣汰，建立与利益相呼应、与责任相关联的动力机制。

创新整合机制，提高协同创新的有效性。整合机制通过合理的分工、有效的沟通协调，适时的约束规范来实现资源整合和效益最大化，但目前单兵作战式的学院建设和学科建设独立性较强，导致资源分散，条块分割、各自为政现象严重。创新整合机制的着力点是构建学科交叉融合的发展模式，加强人才队伍、基地平台、项目、经费等资源的协调与共享，增强资源利用的有效性。一是构建科学合理的管理体制，从纵向上改革校、院两级管理的传统层级制管理体制，通过权力和资源的下放与分离来增强学院、学科的主动性和积极性。从横向上改革学校行政权力主导的全能主义管理体制，构建学术权力与行政权力相对分离的机制体制，使得学术权力与行政权力各司其职、各负其责。二是构建灵活的人才流动机制，打破人才的单位依附和专有，构建弹性的人才管理体制，实行人才的所有权与使用权的适当分离，实现人力资源的合理配置与共享。三是构建开放的平台共享机制，整合现有学科资源，建立面向全校的开放式的平台共享中心，并鼓励各学科相互使用共享面广的仪器设备，做到平台利用的效益最大化。四是构建多元的合作机制，从科学发展和经济社会发展需要出发，通过项目合作、科研团队整合、学术特区建设等纽带建立学科间、科研人员间的紧密联系，推进交叉学科或学科群的构建，并在顺应社会需求的基础上培育学科新的生长点和增长点。

创新评价机制，增强协同创新的科学性。评价机制既是对协同创新进程的检查与督促，也是对协同创新成果的评判。目前高校发展中的评价机制有自我评价、政府评价和社会评价，其中主要以自我评价和政府评价为主，这样直接导致了以下问题：一是评价的导向性侧重于学术评价，而忽视市场经济评价。二是评价的方式较为单一，侧重于制定普遍性的评价标准，忽视学科发展的多样性。侧重于高校内部的评价，而忽视高校的外部评价。侧重于科研的定量化评价，而忽视科研以及影响高校发展的定性化评价。三是评价的对象比较狭窄，主要针对单个学院、学科、专业的建设进行评价，而忽视对学校的整体评价，缺少学校与社会协同发展与创新的评价。构建协同创新的评价机制体制，一方面是要构建应用性的评价机制体制。协同创新要求高校面向社会，紧密围绕科技、经济和社会发展中的重大需求进行科学研究，因此高校要突破过去以论文、获奖为主的评价机制，实行学术价值、经济效果和社会影响三个方面结合的综合评价体系，在注重学术价值的同时应侧重于经济效果和社会影响，突出科学技术成果与生产实际的结合、原始创新和解决国家社会重大需求的结合。另一方面是要构建多样性的评价机制体制，采取分类评价，针对不同学科的创新模式和成果采用不同的评价体系，将一般性评价与特殊性评价、内部评价与外部评价、定量评价和定性评价、学术评价与市场经济评价相结合，做到评价的科学性、系统性、完备性和可操作性的有机统一。

高校协同创新的内部机制体制建设是一个宏观的系统工程，动力机制、整合机制、评价机制的创新既是从协同创新的纵向流程来推进，也是通过外在的机制体制建设来理顺各种关系，营造良好的环境氛围，以此激发协同创新主体的积极性、主动性和创造性，做到内外结合，共同推进高校的协同创新。